#Chapitre 5
#page 223
library(BioStatR)
attach(Mesures5)
table(graines,espece)
##        espece
## graines bignone glycine blanche glycine violette laurier rose
##       1       0               7                4            0
##       2       0              19               22            0
##       3       0              11               16            0
##       4       0              10                6            0
##       5       0               5                5            0
##       6       0               1                1            0
##       7       0               1                2            0
#page 224
table(graines,espece,useNA="ifany")
##        espece
## graines bignone glycine blanche glycine violette laurier rose
##    1          0               7                4            0
##    2          0              19               22            0
##    3          0              11               16            0
##    4          0              10                6            0
##    5          0               5                5            0
##    6          0               1                1            0
##    7          0               1                2            0
##    <NA>      70               0                0           72
(table.cont<-table(factor(graines),espece,dnn=c("nbr.graines","espece"),
  exclude=c("bignone","laurier rose")))
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette
##        1                  7                4
##        2                 19               22
##        3                 11               16
##        4                 10                6
##        5                  5                5
##        6                  1                1
##        7                  1                2
##        <NA>               0                0
#page 225
(table.cont<-table(factor(graines),espece,dnn=c("nbr.graines","espece"),
  exclude=c("bignone","laurier rose"),useNA="no"))
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette
##           1               7                4
##           2              19               22
##           3              11               16
##           4              10                6
##           5               5                5
##           6               1                1
##           7               1                2
#En plus : deuxième manière de faire
(table.cont<-table(factor(graines),espece,dnn=c("nbr.graines","espece"),
  exclude=c("bignone","laurier rose",NA)))
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette
##           1               7                4
##           2              19               22
##           3              11               16
##           4              10                6
##           5               5                5
##           6               1                1
##           7               1                2
library(ggplot2)
#Couleur
ggplot(Mesures,aes(x=masse,y=taille,color=espece))+geom_point(size=3,shape=19)+
  ggtitle("Taille en fonction de la masse par espèce")

#Noir et blanc
ggplot(Mesures,aes(x=masse,y=taille,shape=espece))+geom_point()+
  ggtitle("Taille en fonction de la masse par espèce")+theme_bw()

#page 226
#En plus : code figure 51A
pdf("fig51A.pdf")
print(ggplot(Mesures,aes(x=masse,y=taille,shape=espece))+geom_point()+
  ggtitle("Taille en fonction de la masse par espèce")+theme_bw())
dev.off()
## quartz_off_screen 
##                 2
addmargins(table.cont)
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette Sum
##         1                 7                4  11
##         2                19               22  41
##         3                11               16  27
##         4                10                6  16
##         5                 5                5  10
##         6                 1                1   2
##         7                 1                2   3
##         Sum              54               56 110
#page 227
print(prop.table(table.cont),digits=3)
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette
##           1         0.06364          0.03636
##           2         0.17273          0.20000
##           3         0.10000          0.14545
##           4         0.09091          0.05455
##           5         0.04545          0.04545
##           6         0.00909          0.00909
##           7         0.00909          0.01818
margin.table(table.cont,1)
## nbr.graines
##  1  2  3  4  5  6  7 
## 11 41 27 16 10  2  3
#page 228
margin.table(table.cont,2)
## espece
##  glycine blanche glycine violette 
##               54               56
margin.table(prop.table(table.cont),1)
## nbr.graines
##          1          2          3          4          5          6 
## 0.10000000 0.37272727 0.24545455 0.14545455 0.09090909 0.01818182 
##          7 
## 0.02727273
margin.table(prop.table(table.cont),2)
## espece
##  glycine blanche glycine violette 
##        0.4909091        0.5090909
#page 229
prop.table(table.cont,1)
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette
##           1       0.6363636        0.3636364
##           2       0.4634146        0.5365854
##           3       0.4074074        0.5925926
##           4       0.6250000        0.3750000
##           5       0.5000000        0.5000000
##           6       0.5000000        0.5000000
##           7       0.3333333        0.6666667
#page 230
prop.table(table.cont,2)
##            espece
## nbr.graines glycine blanche glycine violette
##           1      0.12962963       0.07142857
##           2      0.35185185       0.39285714
##           3      0.20370370       0.28571429
##           4      0.18518519       0.10714286
##           5      0.09259259       0.08928571
##           6      0.01851852       0.01785714
##           7      0.01851852       0.03571429
#page 233
cov(masse,taille)
## [1] 24.80598
cor(masse,taille)
## [1] 0.7520708
#page 235
require(BioStatR)
eta2(Mesures5$taille,Mesures5$espece)
## [1] 0.1195181
#page 236
#Couleur
plot(taille~masse,col=rainbow(4)[espece],pch=19,data=Mesures)
legend("bottomright",levels(Mesures$espece),pch=19,col=rainbow(4))
title("Taille en fonction de la masse par espèce")